Het grote orgel van de abdijkerk werd in 1600 gebouwd door een onbekend bouwer. Volgens experten zou de orgelbouwer misschien Florent Hocquet, Nicolas Niehoff of Bernard Spiering kunnen geweest zijn.
Over het toenmalige instrument is niets bekend. In 1669 werd het orgel een eerste keer radicaal getransformeerd door André Séverin. Zijn werk viel zozeer in de smaak dat hij zelfs het privilegie verkreeg om onder het orgel begraven te worden. De inscriptie met de sterfdatum van de orgelbouwer is tot heden bewaard gebleven in de muur aan de westzijde van de Narthex en dit in de vorm van een bijzonder grafopschrift waarin vol lof over Séverin gesproken wordt: “André Séverin heeft met zijn ongeëvenaarde kunst voor ons dit orgel gebouwd dat als een wonder kan beschouwd worden. Hij zag het levenslicht in Maastricht en stierf vervuld van genade in dit klooster. Zo mag dus, dankzij een gelukkig lot, zijn lichaam alhier rusten, zijn ziel in de hemel verkeren en zijn kunstwerk tussen deze twee plaatsen staan.” Ook over het instrument van Séverin is niets bekend.
Na de Franse revolutie ontsnapte de abdijkerk maar net aan de afbraak en werd parochiekerk van Sint-Jacob in 1803.
Het orgel werd door Arnold Graindorge in 1816 en 1829 hersteld. De restauratieprojecten van Graindorge (1834) en Joseph Merklin (1848) werden niet uitgevoerd. Uiteindelijk bouwde Arnold Clerinx uit Sint-Truiden in 1854 een nieuw orgel met drie klavieren en een pedaal bouwde in de oude kasten. Al sinds de bouw van het orgel bevonden er zich luiken aan weerszijden van de orgelkasten. Deze luiken zijn waarschijnlijk in de periode van de restauratie door Clerinx verdwenen. In 1888 werden er ook nog ombouwwerken uitgevoerd door Charles Annessens. In de 20e eeuw is er sprake van een lijst van restauratieprojecten van verschillende auteurs die nooit werden uitgevoerd. Uiteindelijk werd professor Hubert Schoonbroodt door de kerkfabriek gemandateerd om de restauratieprocedure weer op te starten. Na het vroegtijdige overlijden van deze laatste, werden organist-titularis Pierre Thimus en adviseur Koos van de Linde belast met het tot een goed einde brengen van het project om een Renaissance-orgel in de oude kasten te construeren. De uitvoering van de werken toevertrouwd aan Orgelbouw Schumacher.
Als uitgangspunt werd bij deze restauratiecampagne gekozen voor de esthetiek van Niehoff zoals deze gerealiseerd is in het Sweelinck-orgel van de Oude Kerk te Amsterdam. Het klankconcept van dit type van instrument is gebaseerd op enigszins uitgesproken contrasten. Enerzijds kunnen we kennismaken met “vrij strijkende prestanten” die van karakter ook heel zangerig zijn dankzij de typische verdubbelingen. Het plenum is briljant en beschikt over een stevige basis maar zal nooit agressief klinken. Het geheel zal integendeel over een bijzondere transparantie beschikken. Het klankvolume is eerder ondergeschikt aan het vocaal karakter en de klaarheid. Anderzijds beschikt dit type van instrumenten over zeer wijde en zachte fluiten. Enkele van deze registers imiteren de typische instrumenten uit de Renaissance-periode. De Quintadeen contrasteert duidelijk door zijn spitse klank. De tongwerken zijn eveneens gebaseerd op dezelfde contrastwerking tussen bijvoorbeeld enerzijds de volheid van de Trompet, Zink en Schalmey en anderzijds de engere klank van de regalen. De eerste herinneren ons aan het Renaissanceblazersensemble dat gevormd wordt door de trombones en de Zinken. De andere (tongwerken met korte bekers) doen eerder denken aan blazers met dubbel riet.
Bij het construeren van dit nieuwe instrument werd de wondermooie orgelkast als uitgangspunt genomen. Van bij het begin was het duidelijk dat de originele afmetingen van de binnenzijde van de kast dienden gerespecteerd te worden en dat de stijl van het orgel in perfecte harmonie diende te zijn met deze van de orgelkast. Het ontbreken van archiefdocumenten en aanduidingen in de orgelkast maakte een reconstructie van het originele instrument onmogelijk maar dwong de verantwoordelijken ertoe om een in feite nieuw instrument te creëren. Er werd geopteerd voor een stijlkopie waarbij de bouwers beschikten over een zekere “bewegingsvrijheid” ten opzichte van het originele concept. Het zou onverantwoordelijk geweest zijn om enkele niet-essentiële beperkingen niet te doorbreken. Het Hauptwerk en het Oberwerk beschikken nu over een volledig kort octaaf en beginnen niet vanaf F zoals dat bij het eerste instrument wel het geval was. De tessituur van de klavieren werd ook in de discant uitgebreid tot d5. In origine was deze beperkt tot a4. Aan de andere kant werden de pedaaltoetsen bewust kort gehouden om de pedaaltechniek die essentieel is voor een adequate uitvoering van het typische repertoire van dit instrument te stimuleren.
De afmetingen van de kast lieten eveneens toe om het klankpalet uit te breiden: de dispositie van het pedaal is opmerkelijk groter dan dat dit bij Niehoff het geval was. Dit maakt de uitvoering van het Noordduitse repertoire veel eenvoudiger. Met dezelfde bedoeling werd er op het Hauptwerk ook een Gedeckt 8’ en een Vox Humana gedisponeerd evenals een Terzfloit op het Oberwerk. De Mixtur van het Hauptwerk werd “opgesplitst” met de bedoeling om van de Oktava 4', Quinta 3' en Superoctava 2' aparte spelen te maken.
De maten van de labiaalregisters werden geïnspireerd op geconserveerd pijpwerk van de familie Niehoff, Cornelis Gerritz, Peter de Swart en Jan Van Covelens. Voor de tongwerken werden de instrumenten van Albert Kiespenning in Wijk, Appingedam en Medenblik als model genomen. Al het interne pijpwerk werd uitgevoerd in gehamerd metaal met een hoge loodlegering. De dikte van het metaal is afnemend naar de bovenzijde van de pijpen toe. Bij een gedetailleerde analyse van de orgelkasten werd ontdekt dat deze volledig volgens de Gulden Snede geconstrueerd werden. De tekeningen van de frontpijpen werden dus op dezelfde manier uitgewerkt.
De windvoorziening is gebaseerd op 4 grote spaanbalgen van 9 x 5 voet en een enkele plooi.
Het woord “reconstructie” is in feite niet helemaal van toepassing op de werken die aan dit instrument uitgevoerd werden, gezien de orgelbouwer meer een nieuwe creatie maakte dan een echte reconstructie. Zijn taak was het verzamelen van een grote hoeveelheid informatie uit fragmenten van verschillende orgels met de bedoeling deze te herwerken tot een muzikaal coherent en overtuigend geheel. Het resultaat heeft ons allen verrast en heeft alle verwachtingen overtroffen.
Rückpositiv
F, G, A-d'''
Praestant 8'
Quintdehna 8'
Oktava 4'
Kleine Holpipe 4'
Siflöit 1 ½'
Mixtur III-V
Scharp II-V
Regal 8'
Schallmey 4'
Manualcoppel Ober Werck / Rückpositiv
Vogelgesang
Trommel
Werck
C, D, E, F, G, A-d'''
Praestant 16'
Oktava 8'
Oktava 4'
Quinta 3'
Superoctava 2'
Mixtur III-VI
Scharp IV-XII
Gedact 8'
Vox Humana 8'
Tremulant
Werck / Ober Werck
Ober Werck
C, D, E, F, G, A-d'''
Praestant 16'
Holpipe 8'
Oktava 4'
Flöite 4'
Nasat 3'
Gembshorn 2'
Terzflöit 1 ⅗'
Siflöit 1'
Zimbel III
Trommete 8'
Zincke 8 ab a°
Tremulant
Werck / Ober Werck
Pedal
C, D-d'
Praestant 16'
Untersatz 16'
Oktava 8'
Nachthorn 2'
Buerflöite 1'
Trommete 8'
Coppel Werck