Le grand orgue de l’église abbatiale fut construit en 1600 par un facteur inconnu. Selon les chercheurs il pourrait toutefois s’agir de Florent Hocquet, de Nicolas Niehoff ou de Bernard Spiering.
Rien n’est connu de l'instrument d'alors. En 1669 il y eut une première transformation radicale effectuée par André Séverin. Il fut tellement apprécié qu’il obtint le privilège d’être enterré sous l’orgue. Actuellement la dalle funéraire se trouve encore dans le mur ouest du narthex avec une épitaphe particulièrement élogieuse : « André Séverin en son art sans pareil nous a fait ces orgues, l’un de ces merveilles. Reçut à Maastricht sa vie et son estre et mourut rempli de grâce dans ce cloître. Ainsi d’un destin très heureux, son corps repose dans ce lieu, son âme éclate dans les cieux et son ouvrage au milieu. » Aucune précision sur l’instrument n’est connue.
L’église abbatiale échappa de peu à la destruction après la révolution et fut affectée à la nouvelle paroisse Saint-Jacques en 1803.
L’orgue fut réparé par Arnold Graindorge en 1816 et 1829. Un projet de restauration par Graindorge daté de 1834 et un autre par Joseph Merklin en 1848 ne furent pas réalisés. C’est finalement Arnold Clerinx de Saint-Trond qui construisit en 1854 un nouvel orgue de trois claviers et pédale dans le buffet ancien. A cette époque disparurent aussi les volets de l’orgue. Une conversion eut lieu par Charles Anneessens en 1888. Au 20ième siècle, plusieurs projets de reconstruction de différents auteurs de projet se suivirent sans aboutir. Au début des années 1990 la fabrique d’église chargea le professeur Hubert Schoonbroodt de relancer la procédure. Après son décès en 1992 c’est l’organiste titulaire Pierre Thimus et le technicien-conseil Koos van de Linde qui furent désignés pour suivre le projet de reconstruction d’un orgue Renaissance, confié à la Manufacture d’Orgues Schumacher.
Le point de départ se porta sur l’esthétique Niehoff, tel que réalisé sur l’orgue Sweelinck de la Oude Kerk à Amsterdam. Le concept sonore de ce type d’instrument s’appuie sur des contrastes marqués. D’un côté se trouvent les principaux quelque peu « gambés », auxquels des doublures typiques confèrent un caractère particulièrement chantant. Les « Plenums » sont brillants et soutenus sans jamais être agressifs, tout en gardant une certaine transparence. Jamais la puissance ne l’emporte sur le caractère vocal et la clarté. De l’autre côté il y a les flûtes très larges et moelleuses, dont certaines imitent les instruments à vent de l’époque de la Renaissance. La Quintadeen contraste vivement par sa sonorité un peu pointue. Les jeux d’anches témoignent de la même vigueur dans les contrastes entre d’une part la plénitude des Trompet, Zink et Schalmey et d’autre part la sonorité plus étroite des Régales. Les deux premiers évoquent l’ensemble Renaissance des vents formés par des trombones et des cornets à bouquin, alors que ceux à résonateur court rappellent plus la sonorité des instruments à anche double.
Le point de départ du projet de construction d’un nouvel orgue fut le splendide buffet. Dès le début il fut clair que les mesures intérieures d’origine devaient être respectées et que le style de l’instrument devrait être en harmonie avec le buffet. L’absence totale de documents d’archives et de traces conservées dans l’instrument rendit une reconstruction selon l’orgue d’origine impossible, mais exigea en fait une nouvelle création, donc une copie de style où le constructeur dispose d’une certaine liberté pour s’écarter du concept original. Il aurait été irresponsable de ne pas dépasser certaines restrictions non-essentielles. Ainsi Hauptwerk et Oberwerk possèdent maintenant une octave courte au lieu d’une tessiture commençant au Fa et la tessiture s’élargit en haut jusqu’au Ré 5 au lieu de se limiter au La 4. Par contre le clavier de pédale possède des touches particulièrement courtes qui influencent la technique de jeu, essentielle pour une interprétation appropriée du répertoire d’époque.
Les dimensions importantes du buffet ont également permis un élargissement de la palette sonore : la pédale est plus fournie que le modèle Niehoff, ce qui permet une exécution plus aisée du répertoire baroque allemand du Nord ; dans le même souci ont pu être ajoutés au Hauptwerk un Gedeckt 8' et une Voix humaine et à l’Oberwerk une Terzfloit. La grande Mixtur du Hauptwerk a été scindée partiellement puisqu’on en a extrait les rangs de 4’, Quinte 3’ et Doublette pour en faire des jeux isolés.
Les tailles des jeux à bouche sont inspirées des jeux ou fragments de jeux encore conservés de la famille Niehoff, de Cornelis Gerritz, de Peter de Swart et de Jan Van Covelens. Pour les jeux d’anches ce sont les instruments d’Albert Kiespenning à Wijk, celui d’Appingedam et celui de Medenblik qui ont servi de modèle. Toute la tuyauterie interne est en métal martelé, à haute teneur de plomb avec l’épaisseur des corps affinée vers le sommet des tuyaux. L’analyse détaillée des buffets d’orgue a permis de découvrir qu’il a été conçu entièrement suivant la section d’or. Le dessin des tuyaux de façade a été élaboré suivant le même principe.
La soufflerie comporte 4 grands soufflets cunéiformes de 9 x 5 pieds à un seul pli.
La reconstruction de cet orgue s’apparente pour le facteur d’orgues plus à une création nouvelle qu’à une reconstruction. Sa tâche consistait à rassembler une multitude de renseignements recueillis sur des fragments éparpillés pour les refondre dans un ensemble musical cohérent et convaincant. Le résultat nous a tous surpris et a dépassé toutes les attentes.
Rückpositiv
F, G, A-d'''
Praestant 8'
Quintdehna 8'
Oktava 4'
Kleine Holpipe 4'
Siflöit 1 ½'
Mixtur III-V
Scharp II-V
Regal 8'
Schallmey 4'
Manualcoppel Ober Werck / Rückpositiv
Vogelgesang
Trommel
Werck
C, D, E, F, G, A-d'''
Praestant 16'
Oktava 8'
Oktava 4'
Quinta 3'
Superoctava 2'
Mixtur III-VI
Scharp IV-XII
Gedact 8'
Vox Humana 8'
Tremulant
Werck / Ober Werck
Ober Werck
C, D, E, F, G, A-d'''
Praestant 16'
Holpipe 8'
Oktava 4'
Flöite 4'
Nasat 3'
Gembshorn 2'
Terzflöit 1 ⅗'
Siflöit 1'
Zimbel III
Trommete 8'
Zincke 8 ab a°
Tremulant
Werck / Ober Werck
Pedal
C, D-d'
Praestant 16'
Untersatz 16'
Oktava 8'
Nachthorn 2'
Buerflöite 1'
Trommete 8'
Coppel Werck