La présence d'un orgue est attestée à l'église Saint-Jacques à Bruges depuis la fin du XVième siècle. En 1630 Nicolaas Hellewout y livre un orgue, qui sera placé sur le tout nouveau jubé de choeur et il semble y être resté jusqu'à la construction d'un nouvel orgue par Louis Hooghuys en 1869. Cet orgue n'a heureusement pas subi d'interventions dramatiques et les seules modifications ont été l'agrandissement successif du clavier de pédale de 18 à 27 et ensuite à 30 touches, ainsi que le rehaussement du diapason.
Il s'agit d'une véritable oeuvre de prestige de Hooghuys dans un buffet richement sculpté à deux façades, qui trône au centre du magnifique jubé de choeur en marbre noir en blanc.
La restauration avait pour but le retour à la conception d'origine avec un pédalier élargi à 27 touches.
Grand Orgue
C – g '''
Bourdon 16'
Montre 8'
Dolciana 8'
Viola de Gamba 8'
Flûte harmonique 8'
Prestant 4'
Flûte pyramidale 4'
Nazart 3'
Doublette 2'
Fourniture V
Cornet V
Bombarde 16' bas en superius
Trompette 8' bas en superius
Clairon 4' bas
Clarinette 8' superius
Accouplement des claviers
Positif
C - g '''
Salicional 8'
Boudon 8'
Flûte harmonique 4'
Prestant 4'
Flûte à cheminée 4'
Flageolet 2'
Basson 8' bas
Hautbois 8' superius
Pédale
C - d '
En tirasse du Grand Orgue
