De aanwezigheid van een orgel in de Sint-Jacobskerk van Brugge wordt vermeld sinds het einde van de 15de eeuw. In 1630 wordt aan deze kerk een orgel geleverd door Nicolaas Hellewout. Dit instrument wordt geplaatst op een nieuw doksaal in het koor en blijft blijkbaar bewaard tot er een nieuw instrument geconstrueerd wordt door Louis Hooghuys in 1869. Het orgel van Hooghuys zal gelukkig niet ten prooi vallen aan drastische transformaties. Er vinden wel enkele ingrepen plaats, maar die blijven beperkt tot het vergroten van de pedaaltessituur van 18 tot 27 toetsen en tenslotte tot 30 toetsen. Ook de toonhoogte zal worden verhoogd.
Het instrument is een echt prestigeproject uit de productie van Hooghuys. De orgelkast is voorzien van zeer rijk beeldhouwwerk en twee fronten. Ze is opgesteld op een wondermooi doksaal dat vervaardigd is uit zwart en wit marmer. De restauratie heeft als concept de terugkeer naar de originele toestand van het orgel en dit met als enige uitzondering het uitbereiden van het pedaal tot 27 toetsen.
Grand Orgue
C – g '''
Bourdon 16'
Montre 8'
Dolciana 8'
Viola de Gamba 8'
Flûte harmonique 8'
Prestant 4'
Flûte pyramidale 4'
Nazart 3'
Doublette 2'
Fourniture V
Cornet V
Bombarde 16' bas en superius
Trompette 8' bas en superius
Clairon 4' bas
Clarinette 8' superius
Accouplement des claviers
Positif
C - g '''
Salicional 8'
Boudon 8'
Flûte harmonique 4'
Prestant 4'
Flûte à cheminée 4'
Flageolet 2'
Basson 8' bas
Hautbois 8' superius
Pédale
C - d '
En tirasse du Grand Orgue