Le projet initial, qui servit de base à l’élaboration du cahier des charges, fut rédigé par le professeur Hubert Schoonbroodt (+) à la fin des années 1980. Il se basait sur l'analyse de l'’orgue avant démontage et prévoyait la restauration de l'’orgue Noelmans de 1681 dans ses dimensions d’'origine, notamment le buffet principal ramené à 5 parties, et la reconstruction d’un positif de dos. Il prévoyait cependant aussi la conservation des élargissements ultérieurs tels que le Récit romantique et la pédale indépendante, qui devaient être logés dans des corps séparés du buffet ancien : la pédale dans deux tourelles indépendantes de part et d'’autre et le Récit dans sa boîte expressive derrière le buffet principal. L’ensemble était censé former un grand orgue à 3 claviers et pédale, qui intègrerait le maximum d’éléments présents dans l’'orgue. Les buffets nouveaux du positif de dos et des tourelles indépendantes de pédale devaient afficher un style résolument contemporain, selon le souhait formulé par la Commission Royale des Monuments et Sites.
Dés le début des travaux de restauration, le démontage et l'’analyse ont permis d’attribuer la plupart des éléments à des périodes plus précises. Rapidement il est alors apparu que l'’instrument avait subi de nombreuses transformations profondes, ayant entraîné la réorganisation totale des buffets et de l’'agencement technique intérieur. Il s’'est avéré rapidement que l'’esthétique sonore et les paramètres techniques des tuyaux (progression des tailles et diapason) des tuyaux baroques d’un côté et des éléments de la fin du 19ième et du début du 20ième siècle étaient incompatibles. En même temps émergea un problème crucial de place au jubé puisque la place prévue pour les tourelles de pédale était largement insuffisante pour le placement des jeux de la pédale indépendante, dotée d’une Flûte 16’' ouverte supplémentaire. Le concept initial de restauration ne pouvait donc plus être réalisé tel quel et des adaptations du projet initial du cahier des charges furent donc inévitables, tout en respectant l'’obligation de conserver le maximum d’'éléments anciens, présentant une valeur historique indéniable.
A ce stade de réflexion plusieurs scénarios étaient envisageables :
C’'est cette dernière option qui fut retenue. A ce stade une nouvelle réflexion s'’imposa d’une part sur le sens de la composition élaborée initialement pour le grand orgue à 3 claviers et d’autre part sur l’'emplacement des deux orgues et de leurs parties respectives. Ici encore plusieurs options furent possibles.
L'auteur de projet opta pour la première solution pour modifier le moins possible son croquis initial de conception des buffets en style contemporain. La composition de l’'orgue baroque resta inchangée avec une pédale indépendante très fournie. Celle de l’'orgue romantique fut complétée par quelques jeux pour remplir les chapes vacantes sur le sommier existant. L’orgue romantique fut également doté d’une pédale indépendante avec un seul jeu de Soubasse 16’.
Positif de dos I
C – f '''
Bourdon 8'
Prestant 4'
Flûte 4'
Nasard 2 ⅔'
Doublette 2'
Tierce 1 ⅗'
Quinteflûte 1 ⅓'
Mixture III
Cromorne 8' B/D
Trompette 8' dessus
Tremblant
Grand-Orgue II
C – f '''
Bourdon 16'
Montre 8'
Bourdon 8'
Prestant 4'
Flûte 4'
Nasard 2 ⅔'
Doublette 2'
Sifflet 1'
Fourniture V
Cornet V
Trompette 8' B/D
Clairon 4' B/D
Tremblant
Accouplement des claviers
Pédale
C – f '
Flûte 16'
Soubasse 16'
Flûte 8'
Prestant 4'
Bombarde 16'
Trompette 8'
Tirasse G-O / Péd.
Tirasse Pos. / Péd.